Il fiume Magliasina percorre e segna l’intera regione del Malcantone. Le sorgenti della Magliasina sono situate sull’Alpe Tre Pezzi a circa 1’600 metri di altezza lungo i pascoli della parte sud del Monte Gradiccioli (1’936 m). Due o tre ruscelli di destra scendono all’Alpe Nisciora (1’445 m) e poco sotto ricevono il piccolo torrente incassato che scende dall’Alpe Agario (1’496 m) situato a nord del Monte Magno (1’636 m). Il torrentello di sinistra invece si dirige inizialmente verso est per passare sotto l’Alpe Gem (1’405 m) per poi dirigersi verso sud e unirsi con il torrente di destra a circa 1’080 m di quota. Il percorso della Magliasina continua fino alla piana di Mugena dove c’era un mulino, ricevendo da sinistra diversi ruscelli che nascono sotto La Bassa di Arosio e sul fianco del Monte Ferraro e da destra un piccolo affluente che passa dall’Alpe Coramsú. Prima di scorrere sotto il Ponte di Busgnone riceve il bel torrente che scende dalla selvaggia Val Firinescio e il ripido torrentello della Val Bandita che scende dal Torri (1’340 m) verso nord est. Sotto il ponte di Busgnone la Magliasina si è scavata un bel sottopassaggio nella roccia, quasi un ponte naturale e poi si esibisce in un paio di cascate non tanto alte ma belle. Dalla seconda cascata era stata ricavata la rongia che faceva funzionare la piccola centrale elettrica di Vezio.
La Magliasina è un fiume a deflusso torrentizio con portata media del corso d’acqua situata attorno a 1.3 m3/s, subendo repentini cambi di volume idrico in caso di eventi meteorologici intensi. Il livello delle portate varia notevolmente nel corso dell’anno con picchi in primavera e autunno caratterizzati da portate quadruplicate rispetto a quelle dei periodi secchi in estate e inverno. Il suo percorso, lungo 16 km, è tortuoso e torrentizio all’interno di una valle poco profonda ma incassata. La Magliasina presenta un’ecomorfologia naturale dalle sorgenti fino all’uscita della valle presso la località di Neggio, mentre i tratti terminali risultano da leggermente a fortemente compromessi. Il corso d’acqua è immerso in un territorio in gran parte dominato da foreste miste di latifoglie, tra cui spiccano i boschi golenali di ontano bianco, ontano nero e frassino che certamente rappresentano le tipologie forestali che più di tutte caratterizzano e conferiscono un singolare valore ecologico al corso d’acqua. Queste zone golenali sono uno scrigno di biodiversità, dove trovano habitat specie animali e vegetali rare, protette e singolari come la felce Matteuccia. Inoltre si segnala la presenza diffusa di vegetazione igrofila in alcune zone caratterizzate da risorgive e stagni. L’intera area, dato il contesto naturale e la tranquillità, possiede inoltre una grande valenza quale zona di svago, con punti di interesse sia dal profilo storico sia da quello naturalistico. Questi valori sono evidenziati lungo il percorso didattico “Sentiero delle Meraviglie”. In generale il grado di naturalità del corso d’acqua e la diversificazione degli ambienti acquatici determinano condizioni ecologiche ideali sia per la macrofauna invertebrata bentonica sia per particolari specie di vertebrati legate agli ambienti acquatici e ripari.
Ultimo delta naturale del Sottoceneri, la foce rappresenta un habitat di grande pregio ecologico per numerose specie di flora e fauna endemiche. La particolare situazione della foce, caratterizzata dall’incontro di ambienti fluviali, ripari e lacustri, su una piccola superficie, è alla base di una notevole ricchezza ittica. La presenza di zone forestali lungo le due sponde fluviali, come pure di ampi canneti lungo la riva, contribuiscono a creare un sistema di ambienti diversificati ed ecologicamente pregiati. La sponda sinistra della foce è caratterizzata da boschi umidi ricchi di specie, dalla presenza di zone umide di pregio e da siti di riproduzione di anfibi.
Per questi motivi, dal 2003, stato inserito nell’inventario federale delle zone golenali di importanza nazionale.
